淮北市传染病医院始建于2003年5月，时称市非典病人集中收治定点医院。2003年10月，根据国务院《突发公共卫生事件应急条例》和省政府《突发公共卫生事件应急办法》的有关规定，贯彻落实《中华人民共和国传染病防治法》，完善淮北市突发公共卫生事件应急救治体系，经市委常委会研究，批准设立淮北市传染病医院，加挂市第三人民医院、市康复医院两块牌子，编制床位100张，设置临床科室8个、医技科室3个、职能科室7个。

建院以来，市传染病医院秉承院训“艰难困苦 玉汝于成”，始终不断加强公共卫生应急救治基础设施建设，积极提升医疗救治水平，应急救治能力显著增强。

市传染病医院现有职工71人，其中卫生专业高级职称7人，中级职称25人，初级职称15人。2011年以来，为提高医院应对突发公共卫生事件能力及重大传染病救治能力，医院按照市委、市政府、市卫生健康委要求，先后派遣30余名医护人员长期在二级以上医疗机构工作学习，提高诊疗水平。市传染病医院建院初期着力打造特色专科，2005年开展碳泵灌洗技术，成功抢救多例重度农药中毒病人、2005年腹腔镜手术开展成功、2006年断肢再植手术开展成功、2009年集中收治20余例甲型H1N1流感患者，全部治愈出院、2010年申报建立艾滋病患者筛查实验室，同年通过验收。

2020年 2月2日，根据安徽省新冠肺炎疫情防控指挥部要求及淮北市疫情防控工作实际需要，市委、市政府、市卫生健康委决定立即启动市疫情防控救治备用医院市传染病医院维修改造及相关医疗设备采购工作，按照“集中患者、集中专家、集中资源、集中救治”的原则增加救治床位，严定工期15天，相关程序按有关规定建立绿色通道，保证防控救治应急需要。通过各方齐心协力，排除万难，施工完成预检分诊室、疑似病区、确诊病区、影像中心、检验中心、医务人员休息区、污染物存放间、食堂等单体工程，以及感染病区设备带、消防、污水处理、供水、供电等辅助工程。2月15日，市卫生健康委组织专家现场验收，专家们一致认为维修改造工程能够基本满足疫情防控救治工作需要，通过竣工验收，提前2天完成维修改造工程。为全市增加38间隔离病房共70张床位，同时紧急采购疫情救治所需医疗设备五大类43种311件，确保医院改造后能及时有效投入使用(新冠肺炎救治由市人民医院托管)。此次改造政府累计投入约资金三千万元。

2020年6月初，为加强市传染病医院核酸检测能力，启动PCR实验室改造工程，7月17日通过安徽省临床检验中心专家组现场验收，现每日检测量可达540余人次，参加室间质评取得优异成绩。

2020年9月，市传染病医院由疫情防控备用医院调整为市级常态化疫情定点收治医院。为提升疫情应急处置的实战能力，做到演练工作常态化，自10月起每周四组织1次院内模拟演练，结束后进行考评总结，补缺补差，院感办主任亲自督查。12月，市卫生健康委在市传染病医院开展为期一个月的全市医疗机构(三个梯队九组)疫情救治轮训，加强了医疗救治梯队建设，大力提升疫情救治防控水平，做到召之即来、来之能战、战之能胜，以百分百准备，确保疫情防控救治万无一失。物资储备按照要求备足一个月的用量，各类设备指定专人做好日常维护，是设备处于正常待用状态，淮北市市长覃卫国来市传染病医院调研时给予了高度认可和充分肯定。

在市委、市政府、市卫生健康委的高度重视和大力支持下，市传染病医院新院区同淮北市人民医院东部新院区一并列入淮北市重点民生建设项目。新院区项目设计于2016年4月，由安徽省建筑设计研究院设计。院址位于烈山区新蔡镇沱河路南，东临淮北文创园，淮北市人民医院新院区西南侧，占地面积近50亩，医院建筑面积约1.7万平方米，其中病房楼六层、门诊楼二层、行政综合楼二层。设计床位150张，内设普通传染病区、呼吸道传染病病区、影像科、发热门诊、肠道门诊、结核门诊等科室，集科研、教学、医疗为一体的公共卫生临床中心。2017年10月由淮北市建投集团投资建设，计划投资1.1亿元，已完成投资7000余万元。目前项目主体工程基本完工，进入内部装修阶段，内部装修工程计划在2021年底结束。2021年7月底，根据全市常态化新冠肺炎防控工作需要，增建负压病区，计划投资2100余万元。含负压病房、负压ICU 、负压手术室、负压PCR实验室、负压结核实验室及相关配套设施，现负压病区平面布局已设计完工。

建院十八载，淮北市传染病医院在市委、市政府、市卫生健康委党组的正确领导下，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，深入学习领会习近平总书记视察安徽重要讲话精神，全面倡导“以人为本，病人至上”的服务理念，本着“平战结合，以平为主;专科与综合相结合，以专科为主”的建院原则来建设和发展医院。下一步新院区投入使用后，市传染病医院将借助崭新的平台，以大力提升应对突发公共卫生事件救治能力为目标，努力打造一所集传染病应急救治、科研、教学为一体的规范的公共卫生医疗中心，为完善全市公共卫生应急体系建设和重大传染病救治发挥应有的作用，为全市人民健康保驾护航，为“绿金淮北”经济发展奉献力量!